function MyClass() {}
var obj = new MyClass()

において、MyClass.prototypeとobj.__proto__の参照オブジェクトが同じ、という関係。

__proto__は ECMAScript の仕様にはなく、JavaScript の独自実装。

正直全然理解できていないので、ここらへんに関してはもう少しじっくり学習し直す必要があると感じている。

参考：パーフェクト JavaScript